国际社会中的各国主权平等，在法律上每个国家开发利用公海的权利都是平等的;与此同时，公海自由的原则使公海资源在法律上具有共同财产的性质，使得原则上所有国家、任何人都可以在公海中开展捕鱼活动，导致各国渔民在公海捕捞常常超过合理限度，从而使得公海资源陷入“公地悲剧”的困境。不受限制的权力往往被滥用，各国在利用公海资源时的过度同样说明需要对国家享有的公海自由权利做出一定的限制。目前，在保护公海的问题上，除了舆论和政治家、外交人员的环保意识外，能够有效限制国家滥用权利冲动的就是国际组织的存在。在国内社会中，很多国家都将环境保护视为经济发展中的负担，发展中国家尤其如此，唯有在环境公共利益与私人利益兼容时，环境政策才能得到顺利推行。在国际海洋环境保护领域，国家的海洋利益与国际社会的环境公共利益并不总是一致，需要国际社会制定合理的政策使得最大多数国家的海洋利益与公海环境保护利益相兼容。在现有机制下，国家的海洋利益与公海环境保护的协调是通过国家与国际组织之间的互动实现的。国际组织限制国家向公海扩张权力的冲动，但同时赋予国家基于自身利益在国际组织内部推行其政策的可能，以和平的推动现行海洋法律秩序的演进，进而重塑新的海洋法秩序而不至于引起国际社会权力的剧烈震荡。具体到公海保护区的建立问题上，国家基于自身利益并兼有国际公共利益的考虑，对特定的公海水域展开研究论证建立公海保护区的必要性，向国际组织提出建立公海保护区的提案，以寻求国际组织的支持，是发挥国家的主动性和国际组织协调性的最佳方式。

1995年6月，地中海国家在西班牙巴塞罗那签订《地中海特别保护区议定书》< TheMediterranean Specially Protected Areas Protocol，简称巴塞罗那议定书)在国家和国际组织的互动方面提供了良好的范例。巴塞罗那议定书适用于整个地中海的海域，而不论其在法律上的地位，包括国家管辖范围以外的公海和国际海底。为了有效执行议定书的保护计划，地中海国家建立了一种特别的保护清单制度一一“对地中海具有重要性的特殊区域清单”(Special Areas of Mediterranean Importance，简称SPAMI List)。成员国可以向缔约国会议提出潜在的保护区提案，经缔约国会议审议批准列入保护清单之后，所有成员国均有义务不采取损害环境保护目的的活动。

与地中海地区国家与国际组织的良好互动相比，南极地区建立公海保护区的博弈则利益更加复杂、变数更多、过程也更为艰难。

南极地区被视为人类最后的净土，被置于《南极条约》体制之下，但各国在南极开展的活动—特别是渔业活动一一并没有得到很好的规制。为了有效保护南极的生物资源和海洋环境，国际社会于1980年缔结了《保护南极海洋生物资源公约》<The1980 Convention for the Conservation of Antarctic Marine Living Resources)，建立了南极海洋生物资源保护委员会(The Commission on the Conservation ofAntarctic Marine Living Resources，简称CCAMLR)。缔约国可以单独或联合向委员会申请在南极地区建立海洋保护区。

2009年11月，南极海洋生物资源保护委员会批准了由英国提出的建立南奥克尼岛海洋保护区(South Orkneys marine protected area)的提案。南奥克尼群岛海洋保护区是在南极的公海水域建立，被认为是世界上第一个真正意义上的公海保护区。但此后各国就在南极建立更多海洋保护区的问题上展开了激烈的争论，尤其反映在南极罗斯海海洋保护区(Ross Sea Region MPA)的建立问题上。

2012年，美国和新西兰将两国关于在南极罗斯海设立海洋保护区的提案合并提交委员会审议，但在2013年、2014年召开的委员会会议上陷入谈判僵局，导致委员会不能做出有效的决定。美国、新西兰的提议获得了澳大利亚、巴西等靠近南极海域国家的支持，但却遭到了俄罗斯、乌克兰等国旗帜鲜明的反对。俄罗斯认为在罗斯海建立海洋保护区并没有经过充分的科学研究，没有充分的国际法依据，并且不排除特定国家的政治企图;日本在南极开展大量的捕鱼活动，特别是捕鲸活动，因此其态度并不是很明朗;欧洲国家则希望达成一条中间路线，支持在罗斯海建立海洋保护区，但要缩小海洋保护区的面积;中国则重申了保护南极环境的重要性，但表示提案需要进一步考虑就保护目标、合理利用、管理细节等方面进行完善。

2015年9月，美国、新西兰向委员会提交了修改后的提案。新的提案减少了西北部一般保护区的面积，扩展了特别科研区的范围，并致力于在海洋保护、可持续渔业活动的开展、科学研究等活动之间取得协调。在2015年10月召开的第34届委员会会议上，澳大利亚、加拿大、欧盟各国等大部分成员国(Most Members)认为修改后的提案反映了各成员的协调利益，包含了允许渔业活动的多用途区域(multiple-use areas)，并支持将提案提交起草小组(drafting group)进行审议。但俄罗斯认为提案并没有解决罗斯海保护区的时限问题，特别科研区划定的渔业区可能导致渔场的渔业拥堵;中国注意到，提案并没有保护区期限届满的后续安排机制，认为不宜在此次会议上提交起草小组审议。由于委员会需要全体一致才能做出有效决定，在咨询成员国的意见之后，委员会认为各国并不能就建立罗斯海海洋保护区的议题达成共识，决定退回提案并不在此次会议上作进一步的讨论。

为了在罗斯海建立海洋保护区，美国、新西兰展开了持续不断的努力，只是南极地区涉及各国复杂的国家利益和地缘政治利益，各国很难在短期内达成完全一致的意见。但与此同时，根据各成员提出的不同意见，美国、新西兰不断修改、完善提案，增强其合理性和科学性，逐渐取得了大部分成员国的支持。可以预见，罗斯海海洋保护区将会成为全球海洋保护区网络的重要组成部分，在南极海域建立更多海洋保护区以形成南极海洋保护区体系也会成为南极海洋环境保护工作的重要议题。

国家提案经国际组织审议批准建立公海保护区的机制鼓励了国家对与自身利益相关的公海海域的关注和研究，同时由于国际组织内部的制衡机制，基本上能实现积极向公海扩张权力的激进国家和采取保守态度国家之间的权力均衡。一般而言，热衷于在公海建立更大规模海洋保护区的国家在海洋科学研究、海洋科技和经济发展水平等方面具有更大的优势，而这些优势又为大多数的发达国家或海洋大国所具备。这也就解释了为什么推动公海保护区议题进展的主力军为发达国家的原因。在国家实力允许的条件下，国家在向国际组织提案建立公海保护区时，总是尽可能的扩展其范围，希望在保护公海环境和生物多样性的背景下，为自身国家权力在公海的扩张披上合法的外衣。提案国的权力冲动往往在国际组织内部受到其他国家的制约，尤其是海洋大国之间的政策并不完全一致的时候，最后的结果往往是多方妥协的结果。鉴于此，国家提案经国际组织建立公海保护区也许并不是发展海洋保护区的最佳方式，尤其是基于海洋流质性、生态系统整体性等方面的考虑，但毫无疑问的是，此种机制却是政治上最为可行的机制，在某种程度上实现了国家利益和国际公共利益之间的平衡。只要国家建立公海保护区的诉求在国际组织内部有成功的可能，国家、特别是海洋大国在公海采取单边行动的冲动就能够得到有效的抑制。更重要的是，在此种机制下，存在着给予非成员国以提案权的空间，国际组织之外的国家可以基于自身的利益和国际组织的管辖范围有选择性的开展合作。