(一)侦查机关产生侦查惰性问题

认罪认罚从宽制度实施的过程中，因为认罪协商机制的存在，有利于侦查机关获得罪犯的有罪供述，但也可能存在或致使侦查人员在侦查过程中产生惰性，从而降低侦查人员对犯罪事实的侦查深度和犯罪证据的收存、固定、保存及移交的标准。这将使得侦查人员过分依赖口供而有意无意地忽略客观性证据的收集，这会使认罪认罚的本质异化，甚至陷人强迫自证其罪的泥淖。侦查机关的此种侦查惰性，很容易贻误战机，错失收集客观性证据的最佳时机，甚至重要证据很可能已经毁损灭失。我国刑事诉讼法规定，只有被告人的有罪供述的情况下法院不能定罪，当没有其他能够相互印证的证据予以佐证时，被告人翻供几率极大，这便会增加案件定罪的难度，可能导致对真正有罪罪犯的追诉失败，而被害人或将通过其他手段进行诉求表达，更使得认罪认罚案件在追求公平正义和司法效率两个方面均失去意义。

认罪协商并不是降低案件的证明标准，而是以量刑建议换取证据的补强，是被告人、犯罪嫌疑人用他的诉讼权利交换对自己比较有利的量刑处分。这就意味着对于侦查机关而言，并不能因为犯罪嫌疑人认罪认罚而忽略了证据收集和降低证据收集的标准，否则只会使得侦查机关更加依赖口供。

(二)免予起诉被滥用的历史有重演的危险

认罪协商机制中，检察机关的自由裁量权是一把双刃剑。对于轻微刑事案件，犯罪嫌疑人认罪态度良好，积极赔偿，争取被害人谅解，检察机关采取不起诉的做法对于恢复被破坏的社会关系、促进被追诉人回归社会、节约司法资源方面具有积极作用。但是，在实务工作中，或出于行政压力、或出于工作态度和工作水平、或碍于胜诉率等考核标准要求、亦或存在其他原因，检察机关在对被追诉做不起诉处理时，存在暗箱操作、权钱交易、私下协商等风险，极易导致当年免予起诉制度被滥用的历史重演。

在认罪协商的过程中，适当扩大不起诉的适用，是合理的也是必要的，但这并不意味着不起诉不受限制。19%年之前的免予起诉制度，就曾因为不受制约而饱受垢病并最终被废止。免予起诉制度存在着不经人民法院审判程序就定公民有罪的问题，而且免予起诉由人民检察院一家做出，缺乏应有的制约、限制，甚至剥夺了被告人诉讼权利的行使。认罪协商中的不起诉，如果不受监督和制约，也极易出现类似的问题。

(三)“以钱买刑”，引发新的司法腐败

认罪认罚从宽制度构建的现实风险之一是民众对协商性司法的“讨价还价”的反感。首先，自由裁量权存在失控风险。检察机关在认罪协商中对于酌定不起诉有较大的自由裁量权，这可能成为某些轻微刑事案件或者事实认定不清案件中腐败产生的温床。其次，行政干预司法问题。在认罪协商机制下，“协商影响力主体”和“协商主体”是两个不同概念，犯罪追诉部门在受到行政部门等外在压力时就会有腐败产生的因子存在。再次，协商过程、内容的不透明性。审判程序的公开透明是基本原则，而协商的过程并不具有审判式的公开性要求，协商内容和结果目前也没有法律强制规定需像裁判文书一般进行公开，这便有了暗箱操作的可能。最后，协商容易使得量刑结果与经济赔偿相挂钩。特别是被害人作为利益受损方，如果在协商中充分参与，则往往主要关注经济赔偿，而高额赔偿表面上有利于形成被告人与被害方之间的谅解，实则可能造成新的不公平，即基于被追诉人经济状况和赔偿能力的差异，直接影响到了协商及量刑的结果。

(四)“强迫认罪”，造成冤假错案

疑罪从无原则在我国司法实务工作中常处于一种尴尬的状态，直到近几年，法院对“事实认定不清、证据不够确实充分”状态下的无罪宣判才略有增加。但是，在认罪认罚案件中，事实不清状况下的认罪协商广泛存在，检察追诉部门面临两难处境:不起诉则可能枉纵犯罪，还可能导致被害方申诉上访；提前公诉则又面临败诉风险。这种状况下，检察机关为了自身公诉利益，而被追诉人处于弱势地位，再加上我国目前畸低辩护率，没有律师对被告人提供法律帮助的情况下，检方追诉部门极有可能出现强迫被告人认罪并造成冤假错案。侦查机关为了获得有罪供述，而强迫犯罪嫌疑人认罪认罚的风险更是存在，相关错案的惨痛教训已经不胜枚举。除了公权机关出于自身诉讼利益考量而存在强迫认罪外，在一些重罪案件当中，被追诉人往往出于对刑罚上限的恐惧而被迫接受追诉机关更为严厉的所谓认罪优惠。例如，在某些被追诉人可能被判处死刑的案件当中，被追诉人出于对死刑的恐惧，往往会接受实质上严厉的量刑，只求免于顶格处罚。被追诉人的这种心理也是很多冤假错案出现的原因。美国辩诉交易制度研究表明，被追诉人在重罪案件中，特别是死刑案件中，往往会接受比最优协商量刑更为严厉的刑责，但这并不会增加被追诉人的总体认罪倾向。

(五)被追诉人及其律师权利地位低、救济保障弱

我国认罪协商制度构建过程最大的法律风险即是两造对抗的不平等，而在实务中，对律师权利产生直接威胁的就是其进行认罪协商的对手。在侦查不公开主义下，犯罪嫌疑人及其律师很难对案件的侦查情况有具体了解；犯罪嫌疑人的权利受到限制，如犯罪嫌疑人不享有沉默权；律师缺乏有效辩护所需要的一些基本权利，如法律并未明确赋予律师在侦查阶段的调查取证权，律师也不享有讯问犯罪嫌疑人时的在场权。在这样的情境下，被追诉人很难自愿、明智而且在有效维护自身诉讼权利的前提下认罪，导致被追诉人的概括认罪往往是一种消极认罪①。这种认罪是其对自己实施的事实行为都承认，但并不一定具有明智性。例如，在速裁程序和简易程序中，在诸多三年以下有期徒刑的案件当中，罪与非罪的界限根据案件内容、证据情况有相当大的区别，在缺乏律师有效帮助的前提下，被追诉人极有可能由无罪被判有罪。通常情况下，西方国家刑事案件认罪协商中，律师参与率与参与程度远高于我国。在认罪认罚从宽制度中，律师除自身参与刑事案件的执业风险外，在遇到公权力机关的阻碍时，最主要的权利救济途径是投诉和申诉控告.救济渠道十分有限且受理部门的中立性不足，最终的处理结果往往也只停留在纪律处分的层面。换言之，律师权利救济若不能有效保障，那被追诉人的权利保障将更加困难。